Juniorgruppe "Immunonkologische Epigenetik"|Dr. rer. nat. Christian Schmidl

Adresse

LIT - Leibniz-Institut für Immuntherapie
c/o Universitätsklinikum Regensburg
F.-J.-Strauss Allee 11  |  D-93053 Regensburg
Telefon: +49 (0) 941 944-18176

E-Mail: christian.schmidl@ukr.de

Forschungsschwerpunkt

Immunzellen können Tumoren erkennen und bekämpfen, doch das suppressive Tumormikromilieu kann die Funktion von tumorinfiltrierenden Immunzellen einschränken. Epigenetische Mechanismen wie die Modifikation und Verpackung der DNA tragen dazu bei, zelluläre Programme zu etablieren und aufrecht zu erhalten. Es wird vermutet, dass ebendiese Mechanismen auch dazu beitragen Immunzellen in ihrem inaktiven Zustand zu „fixieren“, und somit erfolgreiche Behandlungen mit Immuntherapeutika, welche das körpereigene Immunsystem zur Tumorbekämpfung stimulieren sollen, verhindern. Wir versuchen die molekularen Vorgänge, die zur Immunzellfehlfunktion führen besser zu verstehen, um Wege für neue immuntherapeutische Behandlungsmethoden zu finden.

Forschungsthemen

Die Rolle von Chromatin in der Genregulation von Immunzellen

Wir untersuchen wie nichtkodierende Bereiche unseres Genoms Signale interpretieren, um zeitlich und räumlich differenzielle Genexpression zu kontrollieren. Diese erstaunlichen Mechanismen ermöglichen schließlich, dass aus einer einziger Zelle ein komplexer Organismus mit hunderten von verschiedenen Zelltypen entsteht, welche alle dieselbe DNA-Sequenz tragen. Die Zellen des Immunsystems eigenen sich hervorragend um Genregulation zu untersuchen, da man sie leicht aus peripheren Blut isolieren und mit einem breiten Methodenspektrum manipulieren kann.

Einzelzell-Methoden

In der Vergangenheit konnten wir nur Populationen von Zellen sequenzieren. Derzeit hat die Entwicklung von Einzelzell-Sequenzierungsmethoden weitgehend unser Verständnis von Zell-zu-Zell-Variabilität, zelluläre Plastizität und Heterogenität entschieden erweitert. Wir sind daran interessiert, Einzelzellanalysen weiterzuentwickeln, um heterogene und hochdynamische Zellpopulationen wie Immun- und Krebszellen zu untersuchen.

Immunzellenfunktion im Tumor-Mikromilieu

Die Interferenz mit Co-inhibitorischen Signalwegen kann dysfunktionale T-Zellen erneut beleben und dauerhafte Antitumor-Reaktionen induzieren. Allerdings sind tumorinfiltrierende Lymphozyten (TILs) eine heterogene Population von Zellen, und ihre wahre Identität und Plastizität muss vollständig geklärt werden um Therapien besser vorhersagen zu können, die Entwicklung neuer Therapien zu erleichtern, und kombinatorische Behandlungen zu gestalten. Wir wollen modernste Sequenzierungsmethoden verwenden, um die zugrundeliegenden molekularen Ursachen der Immunzell-(Fehl)funktion im Tumor-Mikromilieu zu verstehen, um die T-Zell-basierte Immuntherapien zu verbessern.

Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter

Manuela Kovacs-Sautter
Technische Assistentin
Tel.: +49 (0) 941 - 944 - 38119
E-Mail: Manuela.Kovacs-Sautter(at)ukr.de

Marianna Maddaloni
Doktorandin
Tel.: +49 (0) 941 - 944 - 38116
E-Mail: marianna.maddaloni(at)ukr.de

Elena Romero-Fernández
Doktorandin
Tel.: +49 (0) 941 - 944 - 38178
E-Mail: Elena.Romero-Fernandez(at)ukr.de

Chiara Suriano
Doktorandin
Tel.: +49 (0) 941 - 944 - 38119
E-Mail: chiara.suriano(at)ukr.de

Veronika Waas
Masterstudentin

Theresa Wolf
Masterstudentin

Publikationen

  • Riegel D, Romero-Fernández E, Simon M, Adenugba AR, Singer K, Mayr R, Weber F, Imbusch CD, Kreutz M, Brors B, Ugele I, Werner JM, Siska PJ, Schmidl C. Integrated single-cell profiling dissects cell-state-specific enhancer landscapes of human tumor-infiltrating T cells. Mol Cell. 2023 Jan 11:S1097-2765(22)01212-6. doi: 10.1016/j.molcel.2022.12.029
  • Delacher M, Simon M, Sanderink L, Hotz-Wagenblatt A, Wuttke M, Schambeck K,Schmidleithner L, Bittner S, Pant A, Ritter U, Hehlgans T, Riegel D, SchneiderV, Groeber-Becker FK, Eigenberger A, Gebhard C, Strieder N, Fischer A, Rehli M,Hoffmann P, Edinger M, Strowig T, Huehn J, Schmidl C, Werner JM, Prantl L, BrorsB, Imbusch CD, Feuerer M. Single-cell chromatin accessibility landscapeidentifies tissue repair program in human regulatory T cells. Immunity. 2021 Apr13;54(4):702-720.e17. doi: 10.1016/j.immuni.2021.03.007. Epub 2021 Mar 30
  • Drexler K, Schmidt KM, Jordan K, Federlin M, Milenkovic VM, Liebisch G,Artati A, Schmidl C, Madej G, Tokarz J, Cecil A, Jagla W, Haerteis S, Aung T,Wagner C, Kolodziejczyk M, Heinke S, Stanton EH, Schwertner B, Riegel D, WetzelCH, Buchalla W, Proescholdt M, Klein CA, Berneburg M, Schlitt HJ, Brabletz T,Ziegler C, Parkinson EK, Gaumann A, Geissler EK, Adamski J, Haferkamp S,Mycielska ME. Cancer-associated cells release citrate to support tumourmetastatic progression. Life Sci Alliance. 2021 Mar 23;4(6):e202000903.
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  • Sdelci S, Rendeiro AF, Rathert P, You W, Lin JG, Ringler A, Hofstatter G, Moll HP, Gurtl B, Farlik M, Schick S, Klepsch F, Oldach M, Buphamalai P, Schischlik F, Majek P, Parapatics K, Schmidl C, Schuster M, Penz T, Buckley DL, Hudecz O, Imre R, Wang SY, Maric HM, Kralovics R, Bennett KL, Muller AC, Mechtler K, Menche J, Bradner JE, Winter GE, Klavins K, Casanova E, Bock C, Zuber J, Kubicek S. 2019. MTHFD1 interaction with BRD4 links folate metabolism to transcriptional regulation. Nat Genet 51: 990-998.
  • Schmidl C*, Vladimer GI*, Rendeiro AF*, Schnabl S*, Krausgruber T, Taubert C, Krall N, Pemovska T, Araghi M, Snijder B, Hubmann R, Ringler A, Runggatscher K, Demirtas D, de la Fuente OL, Hilgarth M, Skrabs C, Porpaczy E, Gruber M, Hoermann G, Kubicek S, Staber PB, Shehata M#, Superti-Furga G#, Jager U#, Bock C#. 2019. Combined chemosensitivity and chromatin profiling prioritizes drug combinations in CLL. Nat Chem Biol doi:10.1038/s41589-018-0205-2.
  • Schick S, Rendeiro AF, Runggatscher K, Ringler A, Boidol B, Hinkel M, Majek P, Vulliard L, Penz T, Parapatics K, Schmidl C, Menche J, Boehmelt G, Petronczki M, Muller AC, Bock C, Kubicek S. 2019. Systematic characterization of BAF mutations provides insights into intracomplex synthetic lethalities in human cancers. Nat Genet 51: 1399-1410.
  • Hamdane N*, Juhling F*, Crouchet E, El Saghire H, Thumann C, Oudot MA, Bandiera S, Saviano A, Ponsolles C, Roca Suarez AA, Li S, Fujiwara N, Ono A, Davidson I, Bardeesy N, Schmidl C, Bock C, Schuster C, Lupberger J, Habersetzer F, Doffoel M, Piardi T, Sommacale D, Imamura M, Uchida T, Ohdan H, Aikata H, Chayama K, Boldanova T, Pessaux P, Fuchs BC, Hoshida Y, Zeisel MB, Duong FHT, Baumert TF. 2019. HCV-Induced Epigenetic Changes Associated With Liver Cancer Risk Persist After Sustained Virologic Response. Gastroenterology 156: 2313-2329 e2317.
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