Nachwuchsgruppe|Dr. rer. nat. Christian Schmidl

Adresse

RCI Regensburger Centrum für Interventionelle Immunologie
c/o Universitätsklinikum Regensburg
F.-J.-Strauss Allee 11  |  D-93053 Regensburg
Telefon: +49 (0) 941 944-5480

E-Mail: christian.schmidl@ukr.de

Forschungsschwerpunkt

Immunzellen können Tumoren erkennen und bekämpfen, doch das suppressive Tumormikromilieu kann die Funktion von tumorinfiltrierenden Immunzellen einschränken. Epigenetische Mechanismen wie die Modifikation und Verpackung der DNA tragen dazu bei, zelluläre Programme zu etablieren und aufrecht zu erhalten. Es wird vermutet, dass ebendiese Mechanismen auch dazu beitragen Immunzellen in ihrem inaktiven Zustand zu „fixieren“, und somit erfolgreiche Behandlungen mit Immuntherapeutika, welche das körpereigene Immunsystem zur Tumorbekämpfung stimulieren sollen, verhindern. Wir versuchen die molekularen Vorgänge, die zur Immunzellfehlfunktion führen besser zu verstehen, um Wege für neue immuntherapeutische Behandlungsmethoden zu finden.

Forschungsthemen

Die Rolle von Chromatin in der Genregulation von Immunzellen

Wir untersuchen wie nichtkodierende Bereiche unseres Genoms Signale interpretieren, um zeitlich und räumlich differenzielle Genexpression zu kontrollieren. Diese erstaunlichen Mechanismen ermöglichen schließlich, dass aus einer einziger Zelle ein komplexer Organismus mit hunderten von verschiedenen Zelltypen entsteht, welche alle dieselbe DNA-Sequenz tragen. Die Zellen des Immunsystems eigenen sich hervorragend um Genregulation zu untersuchen, da man sie leicht aus peripheren Blut isolieren und mit einem breiten Methodenspektrum manipulieren kann.

Einzelzell-Methoden

In der Vergangenheit konnten wir nur Populationen von Zellen sequenzieren. Derzeit hat die Entwicklung von Einzelzell-Sequenzierungsmethoden weitgehend unser Verständnis von Zell-zu-Zell-Variabilität, zelluläre Plastizität und Heterogenität entschieden erweitert. Wir sind daran interessiert, Einzelzellanalysen weiterzuentwickeln, um heterogene und hochdynamische Zellpopulationen wie Immun- und Krebszellen zu untersuchen.

Immunzellenfunktion im Tumor-Mikromilieu

Die Interferenz mit Co-inhibitorischen Signalwegen kann dysfunktionale T-Zellen erneut beleben und dauerhafte Antitumor-Reaktionen induzieren. Allerdings sind tumorinfiltrierende Lymphozyten (TILs) eine heterogene Population von Zellen, und ihre wahre Identität und Plastizität muss vollständig geklärt werden um Therapien besser vorhersagen zu können, die Entwicklung neuer Therapien zu erleichtern, und kombinatorische Behandlungen zu gestalten. Wir wollen modernste Sequenzierungsmethoden verwenden, um die zugrundeliegenden molekularen Ursachen der Immunzell-(Fehl)funktion im Tumor-Mikromilieu zu verstehen, um die T-Zell-basierte Immuntherapien zu verbessern.

Publikationen

  • Datlinger P, Rendeiro AF*, Schmidl C*, Krausgruber T, Traxler P, Klughammer J, Schuster LC, Kuchler A, Alpar D, Bock C: Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome read-out. Nat Methods 2017, 14:297–301.
  • Rendeiro AF*, Schmidl C*, Strefford JC*, Walewska R, Davis Z, Farlik M, Oscier D, Bock C: Chromatin accessibility maps of chronic lymphocytic leukaemia identify subtype-specific epigenome signatures and transcription regulatory networks. Nature Comms 2016, 7.
  • Feichtinger J, Hernandez I, Fischer C, Hanscho M, Auer N, Hackl M, Jadhav V, Baumann M, Krempl PM, Schmidl C, et al: Comprehensive Genome and Epigenome Characterization of CHO Cells in Response to Evolutionary Pressures and Over Time. Biotechnology and Bioengineering 2016, 113:2241-2253.
  • Tomazou EM, Sheffield NC, Schmidl C, Schuster M, Schonegger A, Datlinger P, Kubicek S, Bock C, Kovar H: Epigenome mapping reveals distinct modes of gene regulation and widespread enhancer reprogramming by the oncogenic fusion protein EWS-FLI1. Cell Rep 2015, 10:1082-1095.
  • Tausendschon M, Rehli M, Dehne N, Schmidl C, Doring C, Hansmann ML, Brune B: Genome-wide identification of hypoxia-inducible factor-1 and -2 binding sites in hypoxic human macrophages alternatively activated by IL-10. Biochim Biophys Acta 2015, 1849:10-22.
  • Schmidl C*, Rendeiro AF*, Sheffield NC, Bock C: ChIPmentation: fast, robust, low-input ChIP-seq for histones and transcription factors. Nat Methods 2015, 12:963-965.
  • Joshi A, Pooley C, Freeman TC, Lennartsson A, Babina M, Schmidl C, Geijtenbeek T, the FC, Michoel T, Severin J, et al: Transcription factor, promoter, and enhancer utilization in human myeloid cells. J Leukoc Biol 2015.
  • Schmidl C, Renner K, Peter K, Eder R, Lassmann T, Balwierz PJ, Itoh M, Nagao-Sato S, Kawaji H, Carninci P, et al: Transcription and enhancer profiling in human monocyte subsets. Blood 2014, 123:e90-99.
  • Schmidl C, Hansmann L, Lassmann T, Balwierz PJ, Kawaji H, Itoh M, Kawai J, Nagao-Sato S, Suzuki H, Andreesen R, et al: The enhancer and promoter landscape of human regulatory and conventional T-cell subpopulations. Blood 2014, 123:e68-78.
  • The FANTOM Consortium, Forrest AR, Kawaji H, Rehli M, Baillie JK, de Hoon MJ, Haberle V, Lassmann T, et al: A promoter-level mammalian expression atlas. Nature 2014, 507:462-470.
  • Andersson R, Gebhard C, Miguel-Escalada I, Hoof I, Bornholdt J, Boyd M, Chen Y, Zhao X, Schmidl C, Suzuki T, et al: An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 2014, 507:455-461.
  • Pham TH, Minderjahn J, Schmidl C, Hoffmeister H, Schmidhofer S, Chen W, Längst G, Benner C, Rehli M: Mechanisms of in vivo binding site selection of the hematopoietic master transcription factor PU.1. Nucleic Acids Res 2013, 41:6391-6402.
  • Hansmann L, Schmidl C, Kett J, Steger L, Andreesen R, Hoffmann P, Rehli M, Edinger M: Dominant Th2 differentiation of human regulatory T cells upon loss of FOXP3 expression. J Immunol 2012, 188:1275-1282.
  • Schmidl C*, Hansmann L*, Andreesen R, Edinger M, Hoffmann P, Rehli M: Epigenetic reprogramming of the RORC locus during in vitro expansion is a distinctive feature of human memory but not naive Treg. Eur J Immunol 2011, 41:1491-1498.
  • Hansmann L*, Schmidl C*, Boeld TJ*, Andreesen R, Hoffmann P, Rehli M, Edinger M: Isolation of intact genomic DNA from FOXP3-sorted human regulatory T cells for epigenetic analyses. Eur J Immunol 2010, 40:1510-1512.
  • Schmidl C, Klug M, Boeld TJ, Andreesen R, Hoffmann P, Edinger M, Rehli M: Lineage-specific DNA methylation in T cells correlates with histone methylation and enhancer activity. Genome Res 2009, 19:1165-1174.
  • Neumeier M, Weigert J, Schaffler A, Weiss TS, Schmidl C, Buttner R, Bollheimer C, Aslanidis C, Scholmerich J, Buechler C: Aldehyde oxidase 1 is highly abundant in hepatic steatosis and is downregulated by adiponectin and fenofibric acid in hepatocytes in vitro. Biochem Biophys Res Commun 2006, 350:731-735.

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